人类肠道有一个极其密集和复杂的细菌群落定殖。这些细菌与人类宿主建立了最有趣的互惠共生关系。人类肠道为微生物群提供了一个营养丰富的环境，形成了一个肠道微生态系统，而这个生态系统的新陈代谢则影响着人类的健康。近年基因组学和蛋白质组学的重要发展使人们更好地理解了微生物群的复杂性。有趣的是，尽管人类微生物群中的菌株具有巨大的变异性，但这些细菌中90%以上只属于大约70个已知细菌门中的两个，即厚壁菌门和拟杆菌门。
拟杆菌中目前有吉氏拟杆菌、脆弱拟杆菌、多毛拟杆菌、普通拟杆菌、艾格拟杆菌、卵形拟杆菌、多形拟杆菌、单形拟杆菌、粪拟杆菌和化脓拟杆菌10个与人类有关的菌种。多糖是一种大分子碳水化合物，是食物中的主要成分，但不能被我们直接吸收利用。拟杆菌则具有大量的糖基水解酶，并且能够切割自然界中发现的大多数糖苷键，因此能利用肠道中可能存在的各种碳水化合物。拟杆菌能将多糖水解为分子量小的寡糖，这些寡糖具有调节肠道菌群和调节免疫等生物活性。拟杆菌利用多糖也会产生大量挥发性脂肪酸，这些脂肪酸通过肠道被重新吸收，并被宿主用作能源，为人类提供了营养来源。
根据拟杆菌在宿主中的位置，某些种类的拟杆菌可能发挥有益和致病的双重作用。如上所述，拟杆菌在肠道中主要发挥有益作用，但在其他身体部位则是病原体。拟杆菌可引起人体各部位的感染，如在肠外感染进入血液后，这些微生物可能穿透血脑屏障进入中枢神经系统，导致脑膜炎和脑脓肿。它们还能进入腹腔、肺部、颈部和口腔，是腹腔脓肿、肺脓肿、颈部脓肿与口腔感染的罪魁祸首。
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